กล้องจุลทรรศน์เป็นเครื่องมือทางแสงที่มีความแม่นยำ ห้ามถอดชิ้นส่วนและส่วนประกอบแบบสุ่ม เพื่อไม่ให้กระทบต่อประสิทธิภาพการทำงานและความถูกต้องแม่นยำหรือทำให้เสียหาย หากกล้องจุลทรรศน์มีข้อบกพร่อง ควรตรวจสอบและซ่อมแซมโดยองค์กรซ่อมบำรุงมืออาชีพ หรือติดต่อฝ่ายบริการหลังการขาย
ในการใช้งานประจำวัน การบำรุงรักษาส่วนประกอบต่างๆ ของกล้องจุลทรรศน์อย่างทันท่วงทีเป็นกุญแจสำคัญในการรับรองการทำงานของอุปกรณ์อย่างแม่นยำ
หลังจากใช้กล้องจุลทรรศน์ทุกครั้ง ขั้นแรกให้ทำความสะอาดและเช็ดพื้นผิวของกล้องจุลทรรศน์และเวที จากนั้นทำความสะอาดชิ้นส่วนออปติคัล (ช่องมองเลนส์ คอนเดนเซอร์ เลนส์ใกล้วัตถุ เลนส์ใกล้ตา)
1. ก่อนเช็ดพื้นผิวออปติคัลแต่ละอัน ให้ทำความสะอาดกล้องจุลทรรศน์ทั้งหมด จากนั้นใช้เครื่องเป่าลมเพื่อขจัดอนุภาคฝุ่นบนพื้นผิวเพื่อหลีกเลี่ยงการขีดข่วนพื้นผิวออปติคัลเมื่อเช็ด
2. ตามขนาดของพื้นผิวออปติคัลที่แตกต่างกัน ตัดสินใจเช็ดด้วยมือหรือไม้
3. ในการเช็ดเลนส์และฟิลเตอร์ ขั้นแรกให้เช็ดจากตรงกลาง หมุนทวนเข็มนาฬิกา แล้วค่อยๆ เช็ดไปที่ขอบ
เมื่อไม่ได้ใช้งานกล้องจุลทรรศน์ ควรคลุมด้วยลูกแก้วหรือฝาครอบโพลีเอทิลีน และวางไว้ในที่แห้งโดยไม่มีเชื้อรา เลนส์ใกล้วัตถุและช่องมองภาพควรอยู่ในภาชนะปิดที่มีสารดูดความชื้น